Bij m.e.r.-procedures heerst vaak wantrouwen van de omgeving over de partijdigheid van overheden als het om nut noodzaak, alternatieven afwegingen en de milieuonderzoeken gaat. Overheden die voor project m.e.r.- procedures zowel initiatiefnemer als bevoegd gezag zijn geldt sinds mei 2017 de verplichting om deze partijdigheid te voorkomen door een passende scheiding van rollen en functies. Deze wettelijke verplichting moet belanghebbenden meer vertrouwen gaan bieden in een onafhankelijke borging van de afwegingen en de kwaliteit van de milieuonderzoeken. Niettemin blijft de schijn van belangenverstrengeling bestaan als overheden de functiescheiding voor projecten onvoldoende hebben toegepast en vastgelegd.

Sinds mei 2017 is het wettelijk verplicht om als overheid een 'Chinese muur' te bouwen tussen de ambtenaren die zich bezig houden met het opstellen van het milieueffectrapport en de ambtenaren die het later als bevoegd gezag moet beoordelen. Omdat anders sprake kan zijn van belangenverstrengeling, is het niet wenselijk dat dit dezelfde mensen zijn. De Wet Milieubeheer geeft daarom nu aan dat er een ”passende scheiding van functies” gehanteerd moet worden als een overheid zowel initiatiefnemer als bevoegd gezag is.

Het is verplicht om deze scheiding in een "beschrijving van procedures en werkprocessen" vast te leggen en deze procedures en processen na te leven. De Wet milieubeheer geeft niet aan hoe overheden deze functiescheiding door moeten voeren, maar wel dat de scheiding minimaal op het persoons- of functieniveau plaats moet vinden. Dit kan in de praktijk echter nog lastig blijken. Wanneer er tussen de opstellers en toetsers bijvoorbeeld discussies ontstaan over welke alternatieven onderzocht moeten worden of over het detailniveau van de milieuonderzoeken, dan kan het voorkomen dat een leidinggevende van beide ‘partijen’ hierover een knoop moet doorhakken. Bij een scheiding op persoonsniveau bestaat zo nog steeds het risico dat beide rollen bij één leidinggevende terecht komen. Het is daarom verstandig om de scheiding tussen verschillende afdelingen of liever nog hoger in de ambtelijke organisatie te leggen.

Dat werd het meest duidelijk bij de luchthavenbesluiten voor Schiphol en Lelystad. In april 2018 werd Minister van Nieuwenhoven verrast door een persbericht van de NOS. Daarin stond dat  ambtenaren van het Ministerie IenW zich te veel bemoeiden met het opstellen van het milieueffectrapport voor het luchthavenbesluit Schiphol. Dat zeggen juristen volgens het NOS artikel na lezing van e-mails waaruit blijkt dat medewerkers van Schiphol en ambtenaren van het ministerie nauw samenwerken bij het opstellen van het milieurapport. Dezelfde ambtenaren zijn ook verantwoordelijk voor het beoordelen van de kwaliteit van het milieueffectrapport. In het kader van luchthaven Lelystad had  het ministerie er bij het milieueffectrapport wel voor gekozen om zelf de initiatiefnemer te zijn en een scheiding aan te brengen tussen twee verschillende DG’s op het Ministerie.

Het sentiment blijkt ook uit de beroepen die tegenstanders van het Windpark ‘De Drentse Monden en Oostermoer’ bij de Raad van State hebben ingediend. Platform Storm en anderen tegenstanders voerden aan dat de besluiten voor het windpark vooringenomen zijn. Volgens hen zijn de onderzoeken voor het milieueffectrapport niet opgesteld door onafhankelijke en objectieve instanties, aangezien vrijwel alle onderzoeken zijn verricht in opdracht van de ministers. Bovendien worden de onderzoeksbureaus vaker bij windenergieprojecten betrokken en hebben zij daardoor tegenstrijdige belangen. De Afdeling ging niet mee met de bezwaren over vooringenomenheid, maar het geeft wel aan dat dit sentiment bij omwonenden leeft.

Voor de passende functiescheiding  is een concept-handreiking opgesteld die het bevoegd gezag richting geeft hoe de functiescheiding kan worden vormgegeven. Deze concept-handreiking is op 3 april 2017 aangeboden aan de Tweede Kamer en heeft daarin geen discussie opgeleverd. In de handreiking staat ook een voorbeeld van de manier waarop de functiescheiding binnen de gemeente Den Haag is vastgelegd. Verder zijn er opvallend weinig voorbeelden te vinden. Na meer dan een jaar lijkt het er op dat de passende scheiding bij overheden nog niet leeft. Een andere verklaring voor het beperkte aantal voorbeelden is dat de passende scheiding toch moeilijk te implementeren is.

Met de Passende scheiding van rollen en functies  ontstaat naast meer transparantie ook een nieuw risico voor mer-plichtige projecten die na mei 2017 gestart zijn. Wanner de passende scheiding niet in procedures en processen is vastgelegd dan zal het achteraf moeilijk worden om aan te tonen dat er passende scheiding van functies en rollen was ingevoerd. Overheden moeten hier gezien het sentiment of wantrouwen van omwonenden alert op zijn.