De WMIJ stelt in het onderzoek de samenhang tussen ecologie en economie centraal. Drie consortia van bedrijven ontwikkelden ecologisch kansrijke varianten voor de toekomst van het Markermeer-IJmeer die goedkoper zijn dan het basisplan. Ook Natuurmonumenten kwam met een plan: de Marker Wadden. Als de voorgestelde innovaties succesvol worden doorgevoerd, kunnen de kosten in het beste geval met zo'n 40 procent worden teruggedrongen: naar 110 tot 170 miljoen euro op middellange termijn en 350 tot 520 miljoen euro op de lange termijn. De voorgestelde varianten zijn input voor de concept-Rijksstructuurvisie Amsterdam-Almere-Markermeer, waarin in de komende periode samenhangende besluiten zullen worden genomen over stedelijke ontwikkeling, bereikbaarheid en ecologie in dit gebied.

De WMIJ is een samenwerkingsverband van het Rijk en de provincies Flevoland en Noord-Holland. Twee jaar geleden kreeg de WMIJ de opdracht de eerder bedachte maatregelen voor een Toekomstbestendig Ecologisch Systeem voor het Markermeer-IJmeer 'haalbaar en betaalbaar' te maken. Naast de provincies en het Rijk leverden ook gemeenten, natuurorganisaties en onderzoeksinstituten hun inbreng. In het optimalisatierapport van 2011 bracht de werkmaatschappij zelf de kosten al met 40 procent terug. Marktpartijen en Natuurmonumenten denken nu dat het nog goedkoper en innovatiever kan.

In twee van de drie varianten wordt een grootschalig wetland gerealiseerd langs de Houtribdijk. Een derde variant omvat vooral ingrepen in ondiepe delen aan de (Noord-Hollandse) westzijde van het Markermeer. Bepalende elementen uit alle varianten zijn: helder en troebel water, beheersing van vrij rond bewegend slib, vloeiende overgangen tussen water en land, en ecologische verbindingen. Het plan Marker Wadden van Natuurmonumenten, dat voorziet in de aanleg van een omvangrijk wetland, is in twee van de drie varianten inpasbaar. Daarmee kan de eerder toegekende bijdrage van de Nationale Postcodeloterij, Euro 15 miljoen voor Marker Wadden, daadwerkelijk bestemd worden. Het was de taak van de WMIJ om de benodigde beslisinformatie voor besluitvorming op een rij te zetten. Dat is binnen de daarvoor gestelde termijn van twee jaar gelukt, met innovatieve inbreng van marktpartijen.  Nu is de minister aan zet, samen met de regionale bestuurders. Mede op basis van het eindrapport van de WMIJ komt het kabinet naar verwachting begin 2013 met een ontwerp Rijksstructuurvisie Amsterdam-Almere-Markermeer.