Uit analyse van de gegevens binnen en buiten het Natura 2000-netwerk, bleek dat alle onderzochte flora en fauna profiteert van het netwerk. Bij de flora profiteren vooral de zeldzamere plantensoorten. Bij de fauna blijken zowel de algemenere als de zeldzamere soorten meer voor te komen in de Natura 2000-gebieden dan daarbuiten. Vooral vlinders en de meeste vogels hebben baat bij het Natura 2000-netwerk. Voor vlinders hangt dit waarschijnlijk samen met de aanwezigheid van leefgebied dat in de grootschalige landbouwgebieden buiten de Natura 2000-gebieden grotendeels verloren is gegaan. Voor vogels hangt de meerwaarde van het Natura 2000-netwerk sterk samen met het type leefgebied. Voor bosvogels is de meerwaarde van het netwerk bijvoorbeeld beperkt omdat ook buiten de Natura 2000-gebieden veel bos voorkomt. Datzelfde geldt voor vogels van open (vooral agrarisch) landschap omdat het oppervlak aan agrarisch leefgebied binnen de Natuur 2000-gebieden beperkt is. Hoge scoreMaar liefst 35 tot 40% van de onderzochte bedreigde soortenpopulaties blijkt binnen de Natura 2000-gebieden voor te komen. Dat lijkt misschien weinig, maar met het gegeven dat slechts 18% van het landoppervlak van de EU is aangewezen als Natura 2000-gebied (in Nederland is dit iets minder dan 11%), is dat een relatief hoge score. Al met al blijkt het Natura 2000-netwerk van groot belang voor de bescherming van biodiversiteit. Niet alleen voor de soorten van de Europese Vogel- en Habitatrichtlijn waarvoor de gebieden zijn aangewezen, maar ook voor veel van de overige flora en fauna in Europa, zowel bedreigde als niet-bedreigde soorten.