De Programmatische Aanpak Stikstof (PAS) moet ruimte gaan geven aan economische ontwikkelingen en tegelijkertijd de achteruitgang van de biodiversiteit in Natura 2000-gebieden een halt toe roepen. Het milieueffectrapport moet nut en noodzaak onderbouwen en informatie geven over de sturingsfilosofie. Niet alleen moet naar effecten door stikstofdepositie gekeken worden maar ook naar andere milieueffecten die de biodiversiteit van Natura 2000-gebieden beïnvloeden.

De stikstofdepositie op de meeste Nederlandse Natura 2000-gebieden is (veel) te hoog. Nieuwe activiteiten die een toename van de stikstofdepositie geven zijn daardoor niet mogelijk. De Commissie adviseert in het MER te beantwoorden welke economische en milieu-ontwikkelingen te verwachten zijn zonder de PAS. Dit moet nut en noodzaak van de PAS duidelijk maken en het geeft een referentiebasis voor de effectbeoordeling van de PAS.

Daarnaast moet gekeken worden op basis van welke principes sturing wordt gegeven aan duurzame economische ontwikkelingen. Gebeurt dit vanuit de markt of door gerichte interventies van de overheid? Ook adviseert de Commissie de alternatieven voor de invulling van de PAS niet alleen te vergelijken op basis van stikstofdepositie en waterkwaliteit maar ook aandacht te besteden aan de effecten op andere natuurgebieden, gezondheid, landschap en energie.